A 17 ans il entre à l'Ecole Royale Militaire de Bruxelles dont il sort diplômé en 1939.
Il est mobilisé pour résister à toute attaque allemande. Refoulé en France Il échappe à la prison Allemande et s'enfuit en Espagne.
En Espagne, il passe plusieurs mois dans les camps d'Aoîz, Miranda,... mais à nouveau il parvient à s'évader avec l'aide d'un aumônier belge.
Au Royaume-Uni où il arrive le 5 janvier 1942 et intègre l'école Militaire.
Son objectif était de combattre les Allemands le plus rapidement possible et hésite entre choisir le SAS ou la RAF.
En raison de la chance d'être déployé plus rapidement en tant que pilote , il se porte volontaire pour la RAF.
En 1942, il embarque pour le Canada où il suit une formation de pilote de chasse
Après deux ans d'entraînement intensif, il arrive en Angleterre le 22 mars 1944 en tant que pilote de Spitfire rejoignant le 349e Escadron belge.
Environ un mois plus tard, il écrase un Spitfire à l'atterrissage et est envoyé au 350e Escadron belge.
Il participe la libération de la France, de la Belgique et a également participé à l'opération Market Garden.
Lors d'une patrouille au-dessus de la Belgique occupée, il s'échappe de son vol et survole les toits de la rue de Watermaal-Bosvoorde, où il vivait avant la guerre.
Comme il volait à très basse altitude, il balance les ailes de son Spitfire. Quand il le faisait, sa mère venait d'arriver à la maison lorsqu'elle entendit un terrible bruit de moteur.
Immédiatement elle tourna la tête vers le ciel et voyant le avion passant au-dessus de sa tête, elle serra ses lunettes et cria très fort « Jaak !!".Quelques jours plus tard, sa famille reçoit de lui une lettre de contrebande dans laquelle il déclare que c'est LUI qui pilote le Spit !
Il met le pied sur le sol belge pour la première fois en 4 ans le 23 décembre 1944.
De son commandant il reçoit un soir de congé. Ce sera sa dernière soirée dans son propre lit.
Le 24 décembre, il était à nouveau présent avec son escadron.
À un moment donné, son commandant lui a dit qu'il pouvait partir en congé d'une nuit le 25 décembre, mais en attendant il a dû rester à la base.
La veille de Noël il l'a passée, avec ses camarades et un escadron canadien.
Au cours de la matinée du 25, certains de ses camarades ne se sentaient pas très bien.
Néanmoins, il n'aurait pas à effectuer des patrouilles du jour, il s'est porté volontaire pour prendre la place d'un ami-pilote.
Dans une formation de 3 Spits MkXIV, il a quitté Evere.
Leur cible était la frontière belgo-allemande où ils devaient patrouiller à la recherche des forces allemandes (la bataille des Ardennes ou bataille des Ardennes avait commencé le 16 décembre)des camions et des semi-chenillés se dirigeant vers la Belgique. La formation a commencé l'attaque durant laquelle le numéro 1 a mitraillé les camions, Jaak en tant que numéro 2 suivant immédiatement son chef.
Pendant ce temps, la mère de Jaak avait préparé un poulet pour le dîner plus tard dans la soirée, où Jaak était attendu. Lorsque la table fut mise et que la famille etait prête à manger, Jaak aurait déjà dû être là. " Peut-être que le commandant a changé d'avis. ", pensèrent-ils et commencèrent à manger. Une chaise resta vide...
Trois semaines se sont écoulées lorsque la mère de Jaak, ne sachant pas ce qui était arrivé à son fils, se promenait dans la rue où ils vivaient.
Soudain, une jeep s'est arrêtée et plusieurs hommes de la RAF se sont approchés d'elle en lui demandant : « Vous êtes madame Vanderperren ? Elle hocha la tête puis vit une valise dans la jeep, sur laquelle était écrit à la peinture blanche « Flying Officer J.Vanderperren CdG ». En voyant cela, elle s'est effondrée.
Les autres pilotes amis de Jaaks, qui avaient attaqué les camions avec lui, ont raconté à sa mère ce qui s'était passé. Lorsqu'il s'est lancé dans l'attaque, il attaquait les camions à une altitude si basse que le camion qu'il mitraillait, a explosé, le tuant sur le coup.
En 1948, son corps est rapatrié en Belgique.
Une commémoration spéciale a eu lieu à l'Académie royale militaire de Bruxelles et une promotion de nouveaux officiers a reçu son nom, «la promotion du capitaine Vanderperren». Au cours de cette commémoration, il a été fait chevalier à titre posthume en tant qu'officier de l'Ordre du roi Léopold.
Sa tombe, ainsi que les tombes de nombre de ses amis et pilotes belges qui ont combattu pendant la bataille d'Angleterre, peuvent désormais être visitées au cimetière d'Evere à Bruxelles.