Il fut promu caporal en février 1940 et pilote qualifié le 25 avril 1940. Sa première affectation, maintenant celle de sergent, était au 3/I/3, l'escadron de reconnaissance nocturne du 3e Régiment d'aviation, exploitant le Fairey Renard d'Evere, Bruxelles.
Avec l'attaque allemande du 10 mai, son escadron s'est déployé sur son aérodrome avancé de Neerwinden. À l'atterrissage, l'avion de Lejeune a été touché par des mitraillers allemands et il a été blessé au visage. Transféré à l'hôpital militaire de Louvain, il est ensuite évacué vers Bruxelles puis Ostende. Au moment où il a récupéré, son unité s'est retirée à Charentilly près de Tours en France. Il a dû s'y frayer un chemin à travers des foules de réfugiés via Boulogne, Dieppe, Nantes, Montpellier, Marseille et Paris, pour finalement les rattraper le 31 mai.
L'unité s'est déplacée à Pompignan dans le sud de la France le 20 juin, mais Lejeune et plusieurs de ses collègues de l'escadron ont décidé de se rendre en Angleterre pour éviter la capture vu l'armistice
Le groupe se dirigea vers Saint-Jean-de-Luz près de la frontière espagnole et monta à bord du SS Ettrick , qui les débarqua à Plymouth le 27 mai. Lejeune a été emmené dans un centre de traitement à Tenby d'où il s'est enrôlé dans le RAFVR en tant que sergent. Il est arrivé au 5 OTU Aston Down le 16 juillet pour se convertir aux Blenheims. Sa première affectation était le 235e Escadron, opérant sur Blenheims à Bircham Newton, le 4 août 1940.
Il a servi avec eux pendant la bataille jusqu'à la fin octobre, date à laquelle il a été l'un des pilotes envoyés à Aldergrove pour former le 272e Escadron, qui a exploité les Blenheims dans le cadre d'opérations anti-navigation.
En mai 1941, l'escadron se convertit en Beaufighter et fut envoyé via Gibraltar en Egypte. Ils ont été immédiatement envoyés pour fournir une couverture de combat pour l'évacuation de la Crète. Ils ont ensuite continué sur des missions d'escorte de convoi et d'intrus ainsi qu'une opération occasionnelle anti-navigation. Lors d'un déploiement à Malte le 24 septembre 1941, Lejeune et deux autres pilotes belges attaquent et endommagent deux Ju52 au-dessus du golfe de Bomba.
Le 272 a pris part à l'opération infructueuse « Crusader » en novembre 1941, opérant à partir de LG10 et retournant à leur base à Edku près d'Alexandrie lorsqu'elle a pris fin. Il a été commissionné le 25 mai 1942, et est retourné au Royaume-Uni.
Son affectation suivante était la 3e escadrille de livraison, suivie d'un service dans la 5e unité aérienne avancée à Ternhill jusqu'en octobre 1942 et la 61e OTU à Rednal jusqu'en novembre 1942. Il passa ensuite un mois à Gatwick pour se familiariser avec le Curtiss Tomahawk. Cela devait le préparer au service avec le 349e Escadron (belge) de la RAF Ikeja près de Lagos au Nigeria, l'escadron étant formé le 10 novembre 1942.
Destiné à des tâches de défense locale, l'escadron n'est pas devenu opérationnel avec Lejeune les autres pilotes étant utilisés pour convoyer des avions vers le Moyen-Orient. L'escadron est dissous en mai 1943 et Lejeune retourne au 272 en Egypte.
Il a été engagé dans d'intenses sorties de mitraillage et anti-navigation jusqu'en juillet 1943, date à laquelle il a été affecté à la 4e unité de contrôle des ferries. Toujours décidé de retourner auprès de ses collègues belges au 272, Lejeune les rejoignit à Catane, en Sicile, en octobre 1943. Au début de 1944, il retourna en Angleterre et servit dans un certain nombre de postes liés à la Belgique, y compris un séjour à l'hôpital RAF Halton pour une maladie inconnue. Il a dirigé un détachement d'aviateurs belges au défilé de la victoire à Londres en 1945.
Lejeune décide de servir dans l'armée de l'air belge réformée et retourne à Coxyde en Belgique en juin 1946 en tant que commandant.
Le 10 avril 1947, l'armée de l'air belge C-47 K-14 du 366e Escadron, 169e Escadre à Evere, en Belgique, devait livrer l'équipage d'un Oxford, dont le Lejeune, à Prestwick. Il reviendrait ensuite avec deux équipages d'autres C-47 qui avaient amené leur avion à l'installation de maintenance là-bas.
On pense que le C-47 s'est perdu dans de très mauvaises conditions lorsqu'il a heurté le sommet connu sous le nom de Carlin's Cairn (2647 pieds) dans le parc forestier de Galloway. Lejeune a été tué ainsi que les cinq autres personnes à bord :
Capt Loyen (pilote)
Adj. Dierickx (navigateur)
Adj. Curtis (op. radio)
Adj. Cardon (équipage d'Oxford)
Adj. Rodrique (équipage d'Oxford)
Lejeune est enterré dans la tombe familiale à Ostende.
Il est décoré de la Croix de Guerre belge avec palme et fait Chevalier de l'Ordre de Léopold.